La Universidad Marista de Mérida realiza actualmente esfuerzos de investigación científica y tecnológica con líneas de investigación en procesamiento y caracterización de materiales, en acuacultura, en bioeconomía pesquera y acuícola, en sistemas de producción avi-acuícola y agri-acuícola, así como en educación experiencial y psicología educativa.

La investigación científica que realiza Universidad es de naturaleza aplicada, es decir, orientada a resolver problemas o bien a identificar oportunidades de desarrollo. Debe mencionarse que en el proceso de resolver problemas de investigación se hacen esfuerzos por contestar dudas científicas relevantes (i.e investigación básica) en los campos del conocimiento correspondientes y por contribuir a la formación de especialistas en los temas que se estudian.
 
Es por ello que los trabajos de investigación de la Universidad Marista de Mérida deberán tener pertinencia científica, importancia regional e internacional, contribuyan a la formación de recursos humanos de alto nivel para el país, sean pertinentes con la misión de la institución y sean, preferentemente, de naturaleza multidisciplinaria.
 
Una característica distintiva de nuestro modelo de investigación es la estrecha relación entre nuestros investigadores nuestros alumnos de postgrado y avanzados de licenciatura. De esta forma, nuestros alumnos se enriquecen y forman con el acompañamiento y dirección del responsable de la línea de investigación, a la vez de que se realizan tesis y trabajos investigación diseñados al interior de las materias.
 
Debe mencionarse que de forma creciente se realizan trabajos de investigación participativa en las áreas donde este enfoque es pertinente y viable. De esta manera se contribuye a formar capacidad en las comunidades donde tienen posibilidad de aplicación los resultados de las investigaciones que se realizan.
 
En apoyo a los proyectos de investigación, se cuenta con la Unidad Experimental Marista (UNEXMAR) que ofrece un espacio para la experimentación a nuestros alumnos, maestros y a investigadores responsables de las líneas de investigación. Asimismo, se cuenta con un laboratorio de ingeniería que sirve como base la investigación en procesos de producción y ciencia de materiales. Las líneas de investigación antes mencionadas se desarrollan en estrecha colaboración con especialistas de instituciones reconocidas internacionalmente.
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